Ein Perfusions-Bioreaktor, der Virostatika synthetisieren kann, wurde im Gebiet des Pentagons entdeckt und aufgrund einer Meldung von in der Gegend operierenden Agents macht sich die Division daran, das zu untersuchen. Im Einleitungseinsatz zu Episode 2 erkunden die Spieler das flutgeschädigte Gebiet rund um das Pentagon und bekämpfen Black-Tusk-Einheiten, die ihnen den Weg ins Gebäude versperren.

Im wiederspielbaren Haupteinsatz dringen die Spieler ins Pentagon ein, zerstören eine von den Black Tusks betriebene Bohrvorrichtung und hacken die Pentagon-Server, um den Standort des Bioreaktors zu ermitteln.

„DARPA-Forschungslabor" führt die Spieler schließlich in einen geheimen Komplex unterhalb des Pentagons, wo die Black Tusks versuchen, den Bioreaktor durch ein Tunnelsystem aus dem Kalten Krieg fortzuschaffen. Genau wie der Pentagon-Einsatz ist auch „DARPA-Forschungslabor" wiederspielbar.

Episode 2 hat außerdem zwei Geheimaufträge im Gepäck, „Nachschubroute Jachthafen" und „Absturzstelle Botschaft". In beiden müssen die Agents gegen die Outcasts ins Feld ziehen. In „Nachschubroute Jachthafen" müssen die Agents ein Bootshaus untersuchen, über das die Outcasts Nachschub und Personal transportieren. „Absturzstelle Botschaft" hingegen stellt die Agents vor die Aufgabe, Vorräte aus einem JTF-Hubschrauber zu bergen, der von den Outcasts abgeschossen wurde und in die mexikanische Botschaft gestürzt ist.